İhracatı Geliştirme Etüd Merkezi'nin merkezi Ankara'dadır. İGEME idari yapısı Yönetim Kurulu, Genel Sekreterlik, Başkanlıklar, Daire Başkanlıkları ve bağlı Şube Müdürlükleri olarak organize edilmiştir.

Dış Ticaret Müsteşarı'nın başkanlığını yaptığı Yönetim Kurulu Dış Ticaret Müsteşar Yardımcısı, İhracat Genel Müdürü, Dış Ticarette Standardizasyon Genel Müdürü ile Gümrük Müsteşarlığı, Sanayi ve Ticaret, Dışişleri, Maliye, Tarım ve Köyişleri Bakanlıkları temsilcilerinin yer aldığı kamu kesimi ve İhracatçı Birlikleri'nin temsilcileri ile Odalar Birliği Genel Sekreteri'nden oluşmaktadır.

Dış Ticaret Müsteşar Yardımcısı aynı zamanda İGEME'nin Genel Sekreteri olup Merkez'in sevk ve idaresinden Yönetim Kurulu'na karşı sorumludur. İGEME, faaliyet konularına göre üç temel bölüm altında görev yapmaktadır. Bunlar "Başkanlık" olarak adlandırılan idari kademelerdir: Uygulama ve Koordinasyon, Araştırma ve Geliştirme, İdari ve Mali İşler ve Bilgi Sistemleri. Merkezde bu üç Başkanlığa bağlı yedi Daire Başkanlığı ile İGEME faaliyetleri yürütülmektedir.