İGEME, Kuruluş kanunu gereği, 2002 - 2005 dönemi itibarıyla T.C. Başbakanlık Yüksek Denetleme Kurulu'nun denetimine tabi olmuştur. Bu kapsamda, Yüksek Denetleme Kurulu tarafından hazırlanan raporlarda İGEME'nin yeniden yapılanmasına ilişkin kanun çalışması önerilmiş olup, bu dönem itibarıyla Merkezin hesapları ibra edilmiştir.

Diğer yandan İGEME 5018 sayılı yasa gereği, 2006 yılı itibariyle Sayıştay Başkanlığı'nca yürütülen dış denetime tabi olduğundan Merkezimiz faaliyetlerinin denetimi Sayıştay Başkanlığı'nca yapılmaktadır. İGEME'nin 2006 yılına ait hesap ve işlemleri de TBMM tarafından ibra olmuştur.

5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu'nun 65'nci maddesine dayanılarak hazırlanan İç Denetçilerin Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik'in iç denetçilerin kamu idareleri itibarıyla sayılarını belirleyen 18. maddesine ekli listede Merkezimize iç denetçi tahsis edilmemiştir.

Ayrıca, İGEME İdare Organlarının Görev ve Yetkileri ile Kararlarının Denetimine İlişkin Usul ve Esaslar Yönetmeliği'nin 6. maddesinde; "hesapların ve bunlarla ilgili işlemlerin denetimi Yönetim Kurulu'nun kendi üyeleri arasından seçeceği iki kişilik bir Denetim Kurulu tarafından yapılır. Bu kurul hesapları ve işlemleri her zaman denetlemeye yetkili olup, her yıl hazırlayacağı denetim raporunu, mali yıl raporu ile aynı süreye rastlayacak biçimde Yönetim Kurulu'na sunar. Yıllık gelir-gider tablosu ile Denetim Kurulu Raporu, Yönetim Kurulu'nca oylanmasını takiben Dış Ticaret Müsteşarlığı'nın bağlı olduğu Bakanın onayına sunulur. Bakanın onayı ile İGEME'nin ve Yönetim Kurulu'nun o yıla ait hesapları ibra edilmiş olur" ifadesi yer almaktadır. Bu maddeye istinaden, Merkezimiz her yıl yönetim Kurulumuzu temsil eden iki üye tarafından denetlenmektedir.